以下为 超级机械人大战 ALPHA 故事流程 。 游戏会根据玩家最初选择使用真实系机体; 还是使用超级系机体而前往不同的关卡，全67话; 并会在途中设有不同选择，再分别前往不同关卡。 玩家可因自己喜好选择，同时游戏进入66话前，根据玩家的熟练度，而往不同的关卡和ENDING。
（以下标题为非官方翻译）
| 开放 | ||
| 真 （Real） | 超级系统（super system） | |
| 1. 消失的骑兵 | 1.钢制驾驶舱 | |
| 2.黑色高达 2.黑色小田 | 2.マジンガーZ絶体絶命 2.鐵甲萬能俠絕體絕命 | |
| 3.白底救援 3.白底救援 | 3. 部署 Getter 团队！ 3. 三一隊伍出擊 | |
| 4. 死神叫G 4. 被稱為死神的G | 4.ジオン再临 4.自護再來 | |
| 5. 吉翁 之魂 5. 自我保护的幽灵 | 5. 秘密号码 5. 秘密号码 | |
| 6.対决、极东基地 6.对决、极东基地 | 6.アーガマ撃坠命令 6.亚加玛击坠命令 | |
| 7. 让我们结合 | ||
| 8. 出击！ 他的名字是Giant Robo 8。 它的名是鐵甲人 | ||
| 真 （Real） | 超级系统（super system） | |
| 9. 未知的灾难 9. 未获知的灾难 | 9. 呼风 的人 9. | |
| 2 选择 1 A. 前南阿达里岛（前往南阿塔利亚岛） B. 前唐布（前往贾布罗） | ||
| A.南阿达利亚岛 | B. 查布罗 | |
| 10. 觉醒，勇敢 10. 觉醒，勇敢 | 10. 再次 安室透 10. 阿博的第二次降临 | |
| 11. 高达抢劫 11. 抢劫高立 | 11. 白色机动战士 11. 白色机动战士 | |
| 12.野望の男 12.具野心的男人 | 12.Battle is for who 12.戰鬥是為了Who | |
| 13.少女が見た流星 13.少女看見流星 | 13.带翅膀 的高达 13.翼高地 | |
| 14. 对父亲 的承诺 14. 父亲之约 | ||
| 15.使徒、襲来 15.使徒来襲 | ||
| 16.咆哮、EVA初号机 16.咆哮、EVA初号机 | ||
| 17.GR 対GR2 17.GR 對GR2 | ||
| 真 （Real） | 超级系统（super system） | |
| 18.ゼータの鼓動 18. Zeta的鼓动 | 18.紅い雷網、flying Mazinger 18.紅色閃電，能飛的鐵甲萬能俠 | |
| 19.二次直上会戦 19.二次直上會戰 | 19. 冲突！ 盖特机器人 vs 盖特机器人 G 19. 三一萬能俠vs 三一萬能俠G | |
| 20. 决战，第2个新东京市 20. 决战，第2个新东京市 | ||
| 以下是三个选择： A. “与长荣飞机合并（与长荣部队合并）” B. “常驻远东基地（留在远东基地）” C. “与里加民兵接触” | ||
| A.与EVA贰号机合流 | B.留在极东基地 | C.与利加接触 |
| 21. Holy Warriors 21. 聖戰士們 | 21.超越野兽，超越人，上帝的 战士 21.超然的，人类的神 | 21.香港城 |
| 22. 艾尔的精神力量 | 22. 奔向战海 | 22. 高达：星辰大海 |
| 23. 娜国女王 23. 娜之国的女皇 | 23. Mazinger Z vs. Dark Generals 23. 鐵甲萬能俠對間黑大將軍 | 23. 启动双泽塔 23. 长動ZZ |
| 24. 光环路 | 24. 伏特斯重生 | 24. 所罗门的噩梦 |
| 25 飞越东京 | 25. 谢尔金恶魔大战 | 25. 十字骨燃烧护罩 |
| 26. 绯红新世纪福音战士 26. 绯红 EVA | 26. 来自大海 的马勒比托 26. 來自海的访客 | |
| 27. 机器部署 | ||
| 28. EOT岛 | ||
| 真 （Real） | 超级系统（super system） | |
| 29. 黑色超级战士 | 29.铰在心上的无形之刃 | |
| 選擇 A.以力量壓制的作戰（力推による攻略） B. 與2台EVA同時攻擊作戰（エバ二体のsimultaneous attack） | ||
| A.以力量压制的作战 | B.与2台EVA作战 | |
| 30. 灵魂附体 | 30. 时刻、心灵和时刻 | |
| 選擇 A. EVA 阻止導彈 （catch bullets with EVA） B. Grasping guide 彈打下 （shot down bullets） | ||
| A. 用EVA阻止导弹 | B.把导弹打下 | |
| 31.奇迹的价值是 | 31. 诱杀装置 | |
| 32. 空间折叠 | 32. 倒计时 | |
| 33. 武装攻击 | 33. 转型 | |
| 34. 与天敌的相遇 | 34. 隐藏的杀意 | |
| 35. 英格拉姆的真正含义 | 35. 撒旦之战 | |
| 36. 超时空要塞小姐 | 36. 林明梅 | |
| 37. 木星逃犯 | 37. 木星 | |
| 38.是什么引导着人类 | 38. 帝国女王 | |
| 39. 第一次接触 | 39. 世界末日前奏 | |
| 40. 大逃亡 | ||
| 41. 再见火星 | ||
| 以下三个选择 A . Lean Horse Jr. （Lean Horse Jr. Corps） B. Companion Atae Goraon （Goraon） C. Companion Father Grangaran （Grangaran） | ||
| A.林霍斯（A.Linhorse Jr.） | B.戈拉翁 | C.格兰·加兰 |
| 42. 斧头使者 | 42.父亲，地球近在咫尺 | 42 木星幽灵 |
| 43. 拉力和轴 | 43. 在寂静的黑暗中 | 43.在太空中绽放的花朵 |
| 44. 莉娜的血 | 44. 红发女人 | 44. 高达叫零 |
| 45. 黑天使来了 | 45.上帝还是魔鬼…… | 45.突击、拦截临界点 |
| 真 （Real） | 超级系统（super system） | |
| 46.第三の力 46.第三力量 | 46. 龙与虎 46. 龙 | |
| 47. 男人的战斗 | ||
| 48.钟声为谁而舞 | ||
| 49.進路に光明、退路に絶望 | ||
| 50. 变量形成 | ||
| 以下三个选择 A . Rakailam Corps （Rakailam Corps） 的伴奏 B. Yo Goraon （Goraon） 的伴奏 C. Grandgaran （Grangaran） 的伴奏 | ||
| A. 拉凯拉姆军团 | B.戈拉翁 | C.格兰·加兰 |
| 51. 达喀尔的一天 | 51. 阿修罗男爵散射 | 51. 玻璃王国 |
| 52. 振动 | 52.魔神皇帝 | 52. 王国的陷落 |
| 53. 所罗门群岛之战 | 53. 为地球而战 | 53. 交叉战斗 |
| 54. 女人的战场 | 54.把回忆带到未来 | 54. 外邦人的回归 |
| 55. 暴风雨 55. | 55.父の胸で泣け！ 55.在父亲胸前泣喊 | 55. 莉莉娜 女王 55. |
| 56. 吉翁 的异象 56. 自我保护的愿景 | ||
| 57.天使の輪の上で 57.在天使之輪上 | ||
选择 A. 上一届 Angel Hi-Lo （Go to Angel Hi-Lo） B. Mae Yu Ako-Jie （Go to Axes） | ||
| A. 天使 Hi-Lo | B. 轴 | |
| 58. 祝福赢家和输家 58. 送给赢家和输家的祝福 | 58. 对神 国的诱惑 58. | |
| 59.至少，做人。 | 59. 交叉目标 | |
| 60. 最后的信使 第60章 最后的信使 | 60. 战士，又是 60. | |
| 61.运命の矢 61.命运之矢 | ||
| 62. 你还记得爱 吗 62. 可有記起爱 | ||
| 63. 结束 的开始 63. 结束的开始 | ||
| 64.空气 | ||
| 65. 命运之齿轮 65. 命运之轩 | ||
| 熟练度高于45 | 熟练度低于45 | |
| 66. 绝望的盛宴从现在 开始 66. 绝望的盛宴从现在开始 | 66. 人类无处可逃 66. | |
| 67.For the tomorrow of this star 68.為了這星球的明天 | 67.鋼の塊 67.鋼之塊 | |
